علم الجينوم التحليلي والترجمة

مجموعة بيانات ATG متاحة لجميع الباحثين في جامعة نيو مكسيكو (UNM) والمؤسسات التابعة لها. مع ذلك، من الضروري ذكر مرجع P30CA118100، بالإضافة إلى ذكر مجموعة بيانات ATG، بالإضافة إلى الموارد المشتركة الأخرى لـ UNMCCC التي استُخدمت لإنتاج البيانات.

ولإعطاء الفضل لمساهماتنا، نرجو منكم التكرم بإدراج النص التالي في قسم الشكر في مخطوطاتكم:

تلقت هذه الدراسة تمويلًا جزئيًا من منحة دعم مركز السرطان الشامل التابعة لجامعة UNM NCI P30CA118100 واستخدمت الموارد المشتركة لعلم الجينوم التحليلي والتحويلي.

الخدمات الرئيسية والتقنيات والمعدات

تسلسل الحمض النووي DNA وتسلسل الحمض النووي الريبوزي RNA عالي الإنتاجية. تقدم ATG تسلسل الجينوم الكامل، وتسلسل الحمض النووي الريبي الشامل، وتسلسل ChIP، وتسلسل RIP، وتحليل الإكسوم، وتحليل الحمض النووي الريبي الصغير باستخدام مُسلسل Singular Genomics G4. تشمل المواد الأولية الخلايا واللعاب والدم وعينات FFPE أو عينات علم الأمراض الطازجة المجمدة. 

10x تسلسل الجينومي للخلية الواحدة. باستخدام وحدة التحكم 10x Genomics Chromium، إلى جانب عداد الخلايا الآلي Countess II و Miltenyi gentleMACS Octo Dissociator لإنشاء معلقات خلية واحدة، يقوم موظفو ATG بإعداد العينات وإنشاء مكتبات NGS لـ NGS من DNA و RNA.

10x Visium-HD وXenium في الموقع لتحليل النسخ الكامل والتعبير الجيني المستهدف. بالشراكة مع الموارد المشتركة لمستودع الأنسجة البشرية وتحليل الأنسجة (HTR-TA)، تقدم ATG تحليلًا مكانيًا كاملًا للنسخ الجيني للأنسجة الطازجة المجمدة وأنسجة FFPE باستخدام تقنيتي Visium-HD وXenium للتعبير الجيني المكاني في الموقع من 10x Genomics. يحدد التعبير الجيني المكاني Visium HD النسخ الجيني الكامل لمقاطع الأنسجة الكاملة، مما يوفر سياقًا مورفولوجيًا ودقة خلوية عالية. يتيح Xenium في الموقع رسم خرائط فرعية خلوية عالية الإنتاجية لما يصل إلى 5,000 جين إلى جانب البروتينات المتعددة ضمن نفس القطعة النسيجية، والتي يتم الحصول عليها بالتعاون مع HTR-TA لإعداد العينات.

تحليل بيانات NGS، وscRNA-seq، والتفاعلات مع الموارد المشتركة للإحصاء الحيوي وعلم المعلومات الحيوية وعلوم البيانات (BDS). ينسق فريق ATG مع الموارد المشتركة للإحصاء الحيوي وBDS لإنشاء تحليلات مراقبة الجودة وتطوير خطوط أنابيب تحليل البيانات لبيانات G4-Singular، بما في ذلك الكشف عن متغيرات النوكليوتيد المفرد (SNV) من عينات الحمض النووي، وتحليل التعبير الجيني، وتحليل المتغيرات من الحمض النووي الريبي (RNA)، وبيانات scRNA-seq، والكشف عن نُسخ الاندماج من RNA-seq، وتحليل متغيرات عدد النسخ (CNV). تُخزَّن الملفات المُعالَجة في حسابنا السحابي الآمن على AWS، ويُستخدمها فريق ATG أو BDS في التحليلات اللاحقة، باستخدام نصوص R مُخصصة. يتولى براير، المدير الفني لـ ATG، دورين: كبير أخصائيي المعلومات الحيوية، وضابط اتصال مع الموارد المشتركة للإحصاء الحيوي وBDS لتسهيل تصميم الدراسة وتحليل البيانات.

تخزين البيانات والحوسبة. تحتفظ مجموعة ATG بحساب AWS آمن، متوافق مع قانون HIPAA، ومعتمد من مجلس المراجعة المؤسسي (IRB)، حيث يُمكن تخزين وتحليل مجموعات البيانات الضخمة. جميع البيانات مُجهولة الهوية، ومشفّرة أثناء النقل، ومُخزّنة. الوصول إليها مُتاح فقط للمستخدمين المُصرّح لهم، مما يتطلب مصادقة ثنائية العوامل. لضمان أمان البيانات الجينومية، تلتزم مجموعة ATG بالسياسات المُوضحة في أفضل ممارسات أمن البيانات المُتحكّم بها من قِبل المعاهد الوطنية للصحة (NIH)، مع مراعاة سياسة مشاركة البيانات الجينومية للمعاهد الوطنية للصحة (NIH).

خدمات أخرى. يحتوي مركز ATG على جهاز تحليل حيوي من Agilent، ومقياس فلوري من Qubit، وجهاز Miltenyi gentleMACs Octo Dissociator مزود بسخانات (لإنتاج معلقات خلوية مفردة من الأنسجة)، وعداد خلايا آلي Countess II، وجهاز ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR، وهي متاحة للاستخدام من قبل أعضاء UNMCCC. يتوفر روبوت استخلاص الحمض النووي/الحمض النووي الريبوزي Qiagen EZ2 لاستخلاص الأحماض النووية الآلي بكميات كبيرة.

يمكن لـ ATG تسلسل الأنواع التالية:

• الكشف عن الطفرات أو المتغيرات الجينية. يمكن أن يشمل ذلك تقييم مستوى الطفرات الجينية في الورم، أو تحليل اختلافات جينية محددة في سرطان أو مرض معين، أو تقييم كيفية استجابة الخلايا لتلف الحمض النووي بعد الإصابة أو العلاج. عادة، يتم تحقيق ذلك عن طريق استخدام تسلسل لوحة الجينات المستهدفة لتحليل الجينات المرتبطة بالسرطان أو أمراض معينة.
• دراسات التعبير الجيني. التنميط النسخي للخلايا أو الأنسجة أو الأعضاء العضوية أو عينات المرضى، إما كخلايا فردية أو بكميات أكبر.
• مجموعة من فحوصات تحليل حالة الكروماتين، من دراسات مثيلة الحمض النووي إلى فحوصات ATAC إلى ChIP-seq، متاحة.
• دراسة الـRNA غير المشفر مثل ncRNAs، وlincRNAs، وmiRNAs، وtRNAs.

يرجى الاتصال إما كيل كوك (kelcook@salud.unm.edu) أو كاثرين براير (kbrayer@salud.unm.edu) لتحديد موعد للتشاور.

جهاز تسلسل جينوميكس G4

• جهاز تسلسل مزدوج مرن وسريع
• قادر على إنتاج ما يصل إلى 1.6 مليار قراءة 2 × 150 نقطة أساس خلال 24 ساعة
• يمكن تهيئتها لمجموعة متنوعة من أطوال القراءة
• متوافق مع جميع المكتبات تقريبًا التي يمكن تسلسلها على أدوات Illumina.

لمزيد من المعلومات: https://www.singulargenomics.com/

10x جينوميكس كروم iX

• أقسام الخلايا أو النوى لتسلسل الخلية الواحدة
• يلتقط الحمض النووي الريبي (RNA) والبروتين و/أو الكروماتين
• فحص التعبير الجيني، ذخيرة الخلايا المناعية، إمكانية الوصول إلى الكروماتين، اضطرابات كريسبر
• تختلف المدخلات مع الفحص، ولكنها تشمل تعليق الخلايا الحية، والنوى، والخلايا الثابتة، والأنسجة المجمدة، وكتل FFPE. فحوصات ملحد الأنواع المتاحة

لمزيد من المعلومات: https://www.10xgenomics.com/instruments/chromium-x-series

محلل الجينوم Xenium 10x

• منصة التصوير المكاني للنسخ
• القرار الخلوية الفرعية
• قادرة على التقاط ما يصل إلى 5,000 الجينات
• لوحات جينية متعددة مصممة مسبقًا ويمكن تخصيصها بشكل أكبر (https://www.10xgenomics.com/products/xenium-panels)

لمزيد من المعلومات: https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium

و10X الجينوم CytAssist

• يسهل فحوصات النسخ المكاني Visium وVisium HD
• ابدأ من كتل FFPE أو FFPE المقطعة مسبقًا والأقسام المجمدة الطازجة
• متوافق مع المقاطع الملونة H&E أو التألق المناعي

لمزيد من المعلومات: https://www.10xgenomics.com/instruments/visium-cytassist

• المحلل الحيوي اجيلنت: تحليل جودة/كمية DNA وRNA باستخدام الحد الأدنى من المدخلات. (https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument)
• مقياس التألق Qubit II: قياس الحمض النووي والحمض النووي الريبي.
• ثيرموفيشر/إنفيتروجين كونتيسة 2: عد الخلايا وقياس نسبة الخلايا الحية في العينة.

• Miltenyi Biotec لطيف MACS Octo Dissociator مع سخانات: فصل عينات الأنسجة قبل تسلسل الخلية الواحدة.
• كياجين EZ2: استخراج الحمض النووي والحمض النووي الريبي الآلي.
• ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR. نظام تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الحقيقي مع كتل ذات 96 و384 بئرًا للسماح بالمرونة والسهولة في تحليل التعبير الجيني.

تتوفر أدوات مختارة للاستخدام من قبل الأعضاء المؤهلين والمدربين في مجتمع UNM. الأدوات المشتركة متاحة خلال ساعات العمل العادية وفي أوقات أخرى بترتيبات خاصة. يرجى التواصل مع موظفي ATG Facility للحصول على مزيد من المعلومات حول الاختبارات والتسعير.