المعلوماتية الحيوية

يعمل المورد المشترك للمعلومات الحيوية بشكل وثيق مع الموارد المشتركة الأخرى التي تنشئ مجموعات بيانات كبيرة ومعقدة. توفر هيئة التدريس في الموارد المشتركة للإحصاء الحيوي خبرة تكميلية وتساعد في تحليل البيانات. يتعاون مديرو الموارد مع المستخدمين لتصميم التجارب ، وتطوير طرق جديدة لتحليل البيانات وتفسيرها ، ودمج المعرفة العلاجية والمساعدة في كتابة المنح ومعالجة البيانات للمنشورات.

تنتج عدة أنواع من التقنيات المبتكرة التي يستخدمها الباحثون في مركز UNM للسرطان بيانات كبيرة ومعقدة عالية الأبعاد تتطلب خبرة متخصصة وموارد حسابية وبرامج للتحليل. وتشمل هذه

  • دراسات تسلسل الجيل التالي (NGS) ،
  • فحص الأدوية عالي الإنتاجية (HTS) ، إلى جانب معلوماتية chemin ، والتحليلات المستهدفة والمعلومات الدوائية ، و
  • الفحص المجهري فائق الدقة ، بما في ذلك التقنيات الكمية والطيفية الفائقة.
صورة المعلوماتية الحيوية

إن توفير الوصول إلى حلول تحليل البيانات عالية الجودة والخبيرة والفعالة من حيث التكلفة لا يقل أهمية عن إتاحة الأجهزة المتطورة وتقنيات المختبر للمستخدمين ، حتى يتمكنوا من تحقيق أفضل استخدام للبيانات التي يتم إنتاجها.

• المعلوماتية الحيوية وتحليل البيانات عالية الأبعاد المصدر المشترك يزود أعضاء مركز UNM للسرطان بالخبرة والتقنيات اللازمة للاستفادة من مجموعات البيانات المعقدة هذه بطريقة تدعم أهداف برامج أبحاث مركز UNM للسرطان وتعزز أبحاث السرطان الأساسية والترجمة المبتكرة في منطقة مستجمعات مركز UNM للسرطان.

استخدم أدوات المعلوماتية الحيوية

المعلوماتية الحيوية الموارد المشتركة

يان جو ، دكتوراه

مدير الموارد الحيوية للمعلوماتية الحيوية
مكتب: 505-925-0099
أرسل بريدًا إلكترونيًا إلى Dr. Guo

جيريمي إدواردز ، دكتوراه

المدير المساعد

تيودور أوبرا ، دكتوراه في الطب ، دكتوراه

المدير المساعد

Olufunmilola (ماري) Oyebamiji ، MS

عالم المعلومات الحيوية ، تحليل البيانات

جيابنغ هي ، MS

عالم المعلومات الحيوية ، تحليل البيانات

كاثرين براير ، دكتوراه

عالم المعلومات الحيوية ، تحليل البيانات
يدعم أيضا علم الجينوم التحليلي والمتحرك

مرفق أبحاث السرطان (CRF): الطابق الأرضي ، غرفة 100 أ

للإقرار باستخدام هذا المورد المشترك ، يرجى تضمين ما يلي في منشوراتك:

تم دعم هذا البحث جزئيًا من قبل منحة UNM الشاملة لدعم مركز السرطان NCI P30CA118100 والمورد المشترك للمعلومات الحيوية وتحليل البيانات عالية الأبعاد.

أهداف المعلوماتية الحيوية

تقديم دعم المعلوماتية والتحليلات وإدارة المعرفة من خلال خدمات وتقنيات ومعدات وخبرات فعالة من حيث التكلفة لدعم برامج أبحاث مركز السرطان الثلاثة التابعة لجامعة UNM.

  • يشجع البحث المتميز عبر التخصصات
  • يدعم اكتشاف العوامل الوراثية والعوامل الأخرى التي تساهم في الإصابة بالسرطان في نيو مكسيكو

تطوير أدوات وخطوط أنابيب مخصصة للمعلومات الحيوية المصممة خصيصًا لاحتياجات أبحاث مركز UNM للسرطان.

  • يشجع البحث المتميز عبر التخصصات
  • يدعم اكتشاف العوامل الوراثية والعوامل الأخرى التي تساهم في الإصابة بالسرطان في نيو مكسيكو

توفير التعليم وتعزيز الوعي حول تقنيات المعلومات الحيوية والخدمات.

  • يعزز تعليم وتدريب القوى العاملة في مجال السرطان

الكلية والطاقم

صورة قوهيان جو ، دكتوراه

مدير الموارد المشتركة للمعلوماتية الحيوية وتحليل البيانات عالية الأبعاد
أستاذ مشارك ومتمرس في الطب الجزيئي

مرفق أبحاث السرطان ، غرفة 100 أ
505-272-3718
البريد الإلكتروني د. يان قوه

التعليم والتدريب

دكتوراه في علوم الكمبيوتر ، تخصص في المعلوماتية الحيوية ، جامعة ساوث كارولينا
ماجستير هندسة ، جامعة ساوث كارولينا
بكالوريوس علوم كمبيوتر ، ثانوي في اللغة اليابانية ، جامعة مينيسوتا

الاهتمامات البحثية

تطوير منهجية المعلوماتية الحيوية ومقاربات التحليل لدراسات الجينوم وعلم الوراثة.

صورة إدواردزجيريمي إدواردز ، دكتوراه

المدير المشارك للموارد المشتركة للمعلوماتية الحيوية وتحليل البيانات عالية الأبعاد
أستاذ الكيمياء والبيولوجيا الكيميائية
أستاذ الهندسة الكيميائية والبيولوجية
أستاذ علم الوراثة الجزيئية وعلم الأحياء الدقيقة

مرفق أبحاث السرطان ، غرفة 117
505-272-5465
البريد الإلكتروني د. إدواردز

التعليم والتدريب

تدريب ما بعد الدكتوراه في علم الوراثة ، كلية الطب بجامعة هارفارد
دكتوراه الهندسة الحيوية ، جامعة كاليفورنيا ، سان دييغو
ماجستير الهندسة الحيوية ، جامعة كاليفورنيا سان دييغو
بكالوريوس هندسة ميكانيكية ، جامعة تكساس أرلينغتون

الاهتمامات البحثية

المعلوماتية الحيوية ، تقنيات الجينوم ، تكنولوجيا تسلسل الجيل القادم ، بيولوجيا الأنظمة ، التنظيم المكاني لمسارات الإشارات.

صورة أوبراتيودور أوبرا ، دكتوراه في الطب ، دكتوراه

المدير المشارك للموارد المشتركة للمعلوماتية الحيوية وتحليل البيانات عالية الأبعاد
أستاذ ورئيس شعبة معلوماتية الترجمة ، قسم الطب الباطني
البريد الإلكتروني د. أوبرا

الاهتمامات البحثية

معلوماتية Chemin ، التحليلات المستهدفة والمعلومات الدوائية ، التنقيب عن البيانات والتحليلات ، خصائص الأدوية السريرية وذكاء الأدوية التنافسي.

التعليم والتدريب

تدريب ما بعد الدكتوراه في مختبر لوس ألاموس الوطني في علم الأحياء النظري ، مع Angel García
تدريب ما بعد الدكتوراه في مركز التصميم الجزيئي ، جامعة واشنطن ، مع جارلاند مارشال
دكتوراه في الطب من جامعة الطب والصيدلة في تيميشوارا ، رومانيا
دكتوراه ، جامعة الطب والصيدلة في تيميشوارا ، رومانيا

مختبر قوه

المعلوماتية الحيوية هي مجال متعدد التخصصات يجمع بين المفاهيم والمهارات من علم الأحياء وعلوم الكمبيوتر والإحصاء الحيوي لحل مشاكل البحث الطبي الحيوي الكبيرة والمعقدة. ينفذ مختبرنا المعلوماتية الحيوية ، والبحوث الجينية في استخراج البيانات ، والتعلم الآلي ، ومراقبة جودة البيانات الجينومية عالية الإنتاجية. توفر مواردنا المشتركة للمعلوماتية الحيوية أيضًا دعمًا للمعلومات الحيوية لمركز السرطان الشامل التابع لجامعة نيو مكسيكو وما بعده.

يان جو ، دكتوراه ، أستاذ مشارك ومدير ، الموارد المشتركة للمعلوماتية الحيوية
CV | إرسال بريد إلكتروني

هوي يو ، دكتوراه ، زميل باحث
CV | إرسال بريد إلكتروني

أولوفونميلولا (ماري) أويباميجي ، عالم أبحاث
CV | إرسال بريد إلكتروني

جيابنغ هي ، عالم أبحاث
CV | إرسال بريد إلكتروني

ليمين جيانغ ، باحث زائر
CV | إرسال بريد إلكتروني

روابط الموارد

مجموعة الاستشارات الإحصائية بجامعة كاليفورنيا في لوس أنجلوس: موارد لحزم البرامج الإحصائية الشائعة والدروس التعليمية للمفاهيم الإحصائية

الأدوات الإحصائية في SWOG: حجم العينة وبرامج التحليل البسيطة

موصل حيوي: برنامج مفتوح المصدر للمعلوماتية الحيوية يوفر أدوات لتحليل وفهم البيانات الجينومية عالية الإنتاجية باستخدام R لغة البرمجة الإحصائية.

طقطقة: مجموعة أدوات مجانية مفتوحة المصدر لتحليل ارتباط الجينوم الكامل تركز على تحليل بيانات النمط الجيني / النمط الظاهري.

PLINK / SEQ: مكتبة C / C ++ مفتوحة المصدر توفر منصة لتطوير الأدوات التحليلية لبيانات التباين من مشاريع إعادة التسلسل والتنميط الجيني واسعة النطاق ، وخاصة دراسات الإكسوم الكامل والجينوم الكامل

METAL: أداة للتحليل التلوي لعمليات مسح الارتباط على مستوى الجينوم من خلال الجمع بين إحصائيات الاختبار والأخطاء المعيارية أو قيم p عبر دراسات متعددة.

MAGENTA: أداة حسابية تختبر إثراء الارتباطات الجينية في عمليات بيولوجية محددة مسبقًا أو مجموعات من الجينات ذات الصلة وظيفيًا.

IMPUTE2: برنامج التضمين الجيني والنمط الفرداني

برنامج لتحديد المتغيرات الجينية في دراسات تسلسل الجينوم من الجيل التالي أدوات للتعليق التوضيحي الوظيفي للمتغيرات الجينية من بيانات التسلسل عالية الإنتاجية تتوفر قائمة أكثر اكتمالا من البرامج لتحليل بيانات تسلسل الجيل التالي:

http://seqanswers.com/wiki/Software/list

فيما يلي الموارد المتاحة مجانًا عبر الإنترنت والتي تحتفظ بها Bioinformatics Shared Resource. وهي متاحة لجميع أعضاء مركز UNM للسرطان.